تم إنشاء برنامج البكالوريوس في الهندسة الطبية عام 2000 لإثراء سوق العمل المحلي والإقليمي بالمهندسين المؤهلين والقادرين على مواكبة التطورات العلمية الحديثة في مجالات الهندسة الطبية. ان قسم الهندسة الطبية في الجامعة حريصٌ على بناء جيل من المهندسين يتقنون العمل مع الإلكترونيات المتقدمة والميكانيكا الحيوية، وذلك من خلال تكامل العلوم الهندسية مع العلوم الطبية.

يقوم على هذا القسم كادر من أعضاء الهيئة التدريسية المؤهلين ومن أصحاب الخبرات والدرجات والرتب العلمية المتنوعة حيث يضم القسم عضو هيئة تدريسية برتبة أستاذ وعضوين برتبة أستاذ مشارك وثلاث أعضاء برتبة أستاذ مساعد ومحاضر واحد. ان الخريجين الذين يختارون هذا التخصص المتميز بتنوع مفرداته مؤهلون لتسخير العلوم الهندسية لإيجاد الحلول الطبية التي من شأنها تعزيز وتحسين الرعاية الصحية المقدمة للمجتمع. من الجدير بالذكر أن قسم الهندسة الطبية قد قام بتخريج أكثر من 600 مهندساً منذ تأسيسه، حيث يتبوأ عدد منهم مجموعة من الوظائف المرموقة داخل الأردن وخارجه كما وأن بعضهم التحق بالدراسات العليا، وهنالك زهاء الـ 250 طالبًا على مقاعد الدراسةً حالياً.